Em janeiro de 1969, os Beatles iniciaram um projeto cinematográfico que documentaria a realização de sua próxima gravação, originalmente intitulado Get Back. Durante as sessões de gravação, a banda realizou sua última apresentação ao vivo no último andar do edifício da Apple, em Londres, na tarde fria de 30 de janeiro de 1969. A maior parte da apresentação foi filmada e, posteriormente, incluída no filme Let It Be. A idéia de tocar no telhado do prédio foi de Lennon. O concerto parou a rua inteira do prédio e, rapidamente, o lugar ficou lotado de pessoas; inclusive, os vizinhos da região logo espreitavam das sacadas o concerto. Os Beatles tocaram durante quarenta minutos até a polícia local interferir pedindo que abaixassem o volume dos instrumentos; Mal Evans explicou que não era qualquer pessoa que estava tocando, e sim os Beatles. A apresentação terminou antes do previsto, e tornou-se famosa. Com o projeto Let It Be temporiariamente suspenso, os Beatles gravaram seu penúltimo álbum, Abbey Road, no verão de 1969. A conclusão da canção "I Want You (She's So Heavy)" para o álbum em 20 de agosto de 1969 foi a última vez que o quarteto reuniu-se em mesmo estúdio. Lennon anunciou sua saída para o resto do grupo em 20 de setembro, 1969, embora tenha concordado em não anunciar isso publicamente até que determinadas questões jurídicas fossem resolvidas.
Em março de 1970, a sessão de teipes do "Get Back" foram entregues ao produtor americano Phil Spector, que tinha produzido o compacto solo de Lennon – "Instant Karma!". McCartney anunciou publicamente a dissolução em 10 de abril de 1970, uma semana antes do lançamento de seu primeiro álbum solo, McCartney. As cópias de pré-lançamento incluíram um comunicado à imprensa onde McCartney realizava uma entrevista consigo mesmo, explicando o fim dos Beatles e suas esperanças para o futuro. Em 8 de maio de 1970, a versão de "Get Back" produzida por Spector foi lançada como Let It Be, seguido com o documentário de mesmo nome. Legalmente, a parceria dos Beatles não foi dissolvida até 1975, embora Paul tenha apresentado uma ação para a dissolução em 31 de dezembro de 1970, efetivamente terminando a carreira em conjunto da banda.
O motivo do fim da banda ainda é muito discutido e pode ser descrito como uma série de eventos que, resumidamente, os itens abaixo pretendem desenvolver.
- Morte de Epstein: Brian Epstein foi indiscutivelmente o homem mais influente no lançamento e na promoção da popularidade do grupo no mundo inteiro. Por ser o empresário da banda, ele pôde manter o grupo reunido e mediar determinados conflitos que o quarteto viesse a desenvolver entre si, mantendo-se na postura de ser a última palavra, a última decisão. Quando morreu em 1967, deixou um vazio na banda. McCartney provavelmente sentiu a situação precária e procurou iniciar projetos que estimulassem a banda. Em última instância, a discórdia sobre liderança gerencial seria um dos fatores precipitantes para a banda se dissolver.
- George Harrison como compositor: Nos primeiros anos, Paul e John eram os únicos compositores da banda, enquanto que Ringo e George desempenhavam suas funções como baterista e guitarrista, respectivamente. No entanto, de 1965 adiante, as composições de Harrison ganharam maturidade e tornaram-se mais atraentes em suas qualidades. Gradualmente os outros membros reconheciam seu talento como compositor, mas cada vez mais George começou a se frustrar pelo fato da maioria de suas idéias e canções terem como fim a rejeição. Isso gerou confusão e, consecutivamente, desavenças, principalmente entre Lennon e McCartney.
- Dificuldade em colaboração: De uma forma ou de outra, após o grupo parar de excursionar, cada um dos integrantes começaram a seguir comportamentos autônomos: enquanto McCartney via interesse no estilo pop e nas tendências da Grã-Bretanha e dos EUA, Lennon tendia à música introspectiva e experimental, enquanto que Harrison, por sua vez, estava cada vez mais entusiasmado com a música indiana. Por conseguinte, Paul começou a assumir o papel de líder dos projetos artísticos dos Beatles. Além de cada membro ter começado a desenvolver uma agenda cujos eventos exigiam cada vez mais individualidade – o que acabou comprometendo o grau de entusiasmo em conjunto – outro fator que contribuiu para a fragilidade da banda foi a evidente falta de acordo já exitente na época de produção do "Álbum Branco".
- Yoko Ono: Lennon estava em um frágil estado de espírito após o regresso da banda a partir de suas estadias na Índia, no início de 1968. Ficou ressentido e desiludido com o fato do Maharishi não ter preenchido suas expectativas. Lennon começou a desenvolver um imenso interesse numa artista nipo-americana, Yoko Ono, que reuniu o músico britânico em uma de suas exposições em 1966. Tiveram uma relação platônica até a primavera de 1968. Enquanto a esposa Cynthia de Lennon estava afastade de férias, ele e Yoko lançaram uma fita que mais tarde seria lançada como a famosa (e polêmica) "Unfinished Music No.1: Two Virgins". Até esse momento, os dois não estavam completamente entretidos entre si, pois o acordo da banda era que suas namoradas ou esposas não interferissem nos estúdios. Contudo, como a produção artística de Lennon cresceu sob influência de Yoko Ono, cada vez mais ele quis que ela entrasse nos processos de produção dos Beatles e, consecutivamente, ela passou a freqüentar os estúdios de gravação. Frequentemente, Ono não comentava nem dava sugestões no estúdio de gravação, o que parece ter aumentado as confusões entre ela e os três companheiros de Lennon. Ono tem sido acusada por muitos fãs de ter "dividido os Beatles", enquanto que outros argumentam que a sua presença não era nenhum problema, e que os Beatles realmente se separaram pelos outros itens aqui citados (acima e abaixo).
- Situação empresarial: Outra coisa que agravou a situação da banda foi o fato de que, sem Epstein, eles procuraram empresários para geri-la, mas a tentativa desses empresários de estabelecerem um controle na banda The Beatles falhou e, antes disso, houve confusão entre os integrantes, pois não conseguiram entraram em acordo na escolha de um novo empresário.
A formação da Plastic Ono Band, grupo formado por Yoko e Lennon, foi uma saída que Lennon encontrou para largar de vez os Beatles. E, verdadeiramente, a idéia de sair da banda cristalizou-se quando, em setembro de 1969, Yoko e Lennon foram recepcionados entusiasticamente como artistas no Concerto de Rock and Roll de Toronto. Lennon informou a sua decisão para Allan Klein – até então empresário do grupo – e para McCartney em 20 de setembro de 1969. Ironicamente, no outono do mesmo ano, a banda assinou um contrato negociando com a maior taxa de royalities. Esta foi a última demonstração de unidade do grupo, embora de natureza transitória. Outra divulgação revelou que o contrato de dissolução dos membros da banda foi até 1976 coletivamente e separadamente. Assim, este contrato renegociado precipitou o final das ações legais que revogou a parceria em 1972.
Apesar de seus esforços em estimular a banda, McCartney admitiu numa entrevista na revista americana Life que a banda estava desestruturada, em novembro de 1969. Paul viu um conflito entre seu álbum solo, "McCartney", e o projeto do álbum e do filme dos Beatles, Let It Be. "McCartney" foi lançado e a amargura de Paul por conta de alguns incidentes – como, por exemplo, o fato dele ter ficado insatisfeito com determinadas atitudes dos gerentes da banda – foi um fator contribuinte para sua declaração pública de que havia saído dos Beatles. No começo de 1971, McCartney abriu uma ação judicial para a dissolução da relação contratual dos Beatles e, posteriormente, foi decretado.